Imunitatea pe mucoasă ține și de imunoglobulina A pe mucoasă. Această globulină are proprietatea de a neutraliza infecțiile de pe mucoasa intestinală.
Numai că sunt anumite bacterii care secretă enzime , de exemplu proteaze care fac să distrugă această imunoglobulină. Dintre aceste infecții amintim infecția cu Streptoccoc spp, Bacillus spp.
De aceea este atât de important să facem o analiză de microbiom care să testeze agenții patogeni din intestin. De cele mai multe ori dacă sunt în intestin sunt și pe tot traiectul tubului gastrointestinal.